En febrero del año 2000 la Hermandad inició las gestiones para dotarse de estandarte. Tras la presentación y aprobación del correspondiente boceto, le fue encargada su realización a la bordadora de Cartagena doña Maribel Paz Guillén, que lo confeccionó en el año 2002, procediéndose a su bendición en la Semana Santa de 2003. El varal que lo sostiene y los faroles que lo acompañan fueron realizados en Córdoba
El emblema de la Hermandad se compone de un águila, símbolo de san Juan Evangelista. En 1994 se confeccionaron unos «fajines en raso blanco con el bordado del águila, símbolo de la hermandad» para colocar en la túnica negra e identificar a los hermanos que la integran.
La Hermandad procesiona con la tradicional túnica negra con fajín blanco en el que lleva bordado su emblema propio
La imagen de san Juan volvió a participar en los desfiles procesionales en el año 1944. Lo hizo en un sencillo trono construido por el carpintero local don Ginés Martínez Rosa. Los árboles de tulipas fueron prestados por la Hermandad de Ntra. Sra. de los Dolores. La peana sobre la que procesionó la talla de san Juan era la del antiguo trono que se había conservado en un domicilio particular. En la actualidad se encuentra en el camarín de la ermita de san José. La escasa calidad de la misma y el deterioro sufrido no han animado a los hermanos a su recuperación. En 1965 se encargó una carroza tallada en madera y dorada a don Juan Pujante de Murcia, que se estrenó en la Semana Santa de 1966. En esa misma fecha se adquirieron para adorno del trono varias tulipas en Cartagena.
En 1991 la Hermandad encargó un trono a hombros en madera, blanco y dorado, realizado por el escultor de Espinardo, don Antonio García Mengual, a fin de canalizar la inquietud y el empuje de muchos jóvenes que lo demandaban. Fue una obra sencilla realizada con pocos medios, pero con mucha ilusión y que sirvió para procesionar la imagen de san Juan hasta que en la Semana Santa de 2004, fue estrenado el trono actual. Se trata de una pieza trabajada en detalle. El primer cuerpo se compone «de moldura de media caña tallada en calado, acompañada de moldura lisa». En el segundo cuerpo «encontramos la canastilla, de formas curvas a base de entradas y salientes; dicha canastilla tiene una altura de cincuenta y cinco centímetros y se compone de los siguientes elementos: cuatro escudos centrales con motivos alusivos al apóstol, ocho ménsulas acompañando a ambos lados de las hornacinas, situadas en las cuatro esquinas del trono, talladas en su fondo y rematadas por pechinas, y cuatro grecas a modo de crestería. En el interior de las pechinas encontramos las imágenes de los cuatro evangelistas modeladas en barro cocido y policromadas». «La canastilla es rematada a su vez por cuatro candelabros con estructura de metal y recubiertos de talla en cedro». El armazón interior está realizado en madera de pino. Aparecen dorados en oro blanco los cuatro escudos centrales y el interior de las hornacinas, ménsulas y pechinas.